Setelah perang kemerdekaan tahun 1947 Panglima Divisi II yang dipimpin oleh Kolonel Gatot Subroto membentuk Batalyon Tempur dan Batalyon Teritorial yang dinamakan CTN ( Corp Tjadangan Nasional ) di tingkat Propinsi Jateng berkedudukan di Pegunungan Sapuran Wonosobo, dan pada tahun 1948 Belanda melaksanakan agresi II masuk ke Yogyakarta.
Panglima Divisi II Kolonel Gatot Subroto memerintahkan pasukannya untuk melakukan gerilya di wilayahnya masing-masing dan membentuk KMKB ( Komando Markas Kota Besar ) ditingkat Propinsi yang berkedudukan di Semarang, untuk tingkat Kabupaten khususnya daerah Brebes, Brebes dan Pemalang ( Pantura ) namanya PDM ( Perwira Distrik Militer ) walaupun daerah-daerah tersebut masih diduduki oleh Belanda, untuk tingkat Kecamatan namanya BODM ( Bintara Onder Distrik Militer ).
Pada tahun 1950 akibat serangan dari pasukan Gerilyawan yang terus menerus maka Pasukan Belanda ditarik mundur dari daerah menuju ke Kota-kota Besar untuk persiapan penyerahan Wilayah dan meninggalkan Indonesia.
Tahun 1950 Panglima Tentara Belanda Jenderal Molinger menyerahkan daerah kekuasaan kepada Mayor Jenderal Gatot Subroto Selaku Panglima Perang di Daerah Jawa Tengah, selanjutnya Panglima membentuk Kodim Kodim yang ada di daerahnya.
Pada awalnya Markas Kodim 0713/Brebes berada di Desa Bentar Kec. Salem Kab. Brebes, pada tahun 1948 dipindahkan ke Desa Pesantunan Kec. Wanasari Kabupaten Brebes dengan menempati bekas Kantor Asisten Residen ( AR ) selanjutnya pindah ke Brebes Kota tepat Jln. Jendral Sudirman No. 107 Brebes sampai dengan sekarang.